Został wykonany w pracowni haftu Sióstr Klarysek w Hajnówce. Oto jego opis:
Awers
Tło jasnoniebieskie, na którym znajduje się oficjalna nazwa szkoły, wyhaftowana złotymi literami.
Szkoła Podstawowa Towarzystwa Salezjańskiego im. Bł. Laury Vicuna w Bydgoszczy.
Centrum tej strony zajmuje krzyż biało czerwony, równoramienny. Na tle barw narodowych wyhaftowano godło Polski.
Rewers
Tło czerwone. W lewym górnym rogu umieszczono herb Towarzystwa Salezjańskiego. Podobnie po przeciwnej stronie jest herb miasta Bydgoszczy. Oba herby potraktowano graficznie i wyhaftowano złotą nicią.
Centrum wykonane z jasnego materiału zajmuje krzyż równoramienny, w nim wyhaftowano na sposób graficzny Patronkę szkoły Bł. Laurę Vicuna. Napis okalający krzyż, to Collegium Salesianum w Bydgoszczy.
Krzyże mówią o chrześcijańskim i katolickim charakterze szkoły.
Barwy sztandaru są radosne i nawiązują do strojów uczniów.
